1、机关党委

职责：宣传和执行党的路线、方针、政策，宣传和执行党中央、上级组织和本组织的决议，充分发挥党员的先锋模范作用，团结、组织党内外的干部和群众，努力完成本单位所担负的任务。

2、办公室

职责：协助校领导组织校内日常工作的运转；负责校内外的联系与综合协调、调查研究、秘书事务、会议、机要、档案、信访、保密工作；承办对下级党校业务指导的具体工作。

3、组织人事处

职责：负责“一校两院”干部、教师和工人的调配、考核、培训、奖罚；负责职务任免、专业技术职务评审、培训；负责工资福利；负责离退休人员和机构编制管理、人事档案管理等具体工作。

4、教务处

职责：编制“一校两院”主体班次的教学计划，管理、协调教学和教研活动，招收学员、管理学籍、反映教学情况，研究并实施教学工作改革方案等。

5、函授培训处

职责：作为党校对外办班的一个窗口，负责接待各种类型社会办班任务。用函授和面授形式对所属学员进行培训，负责学员的招生、教学、学籍等管理工作，指导下属辅导站的教学管理工作

6、科研处（《中共舟山市委党校学报》编辑部）

职责：编制“一校两院”科研规划，管理、协调科研活动，管理科研档案和科研经费；提供科研信息咨询；组织评估和宣传科研成果、组织全市党校系统的科研协作；编辑《中共舟山市委党校学报》。

7、财务处

职责：贯彻执行党和国家的财经政策和财经纪律；负责编制经费预算；负责“一校两院”经费的会计核算和财务管理。

8、信息处（图书馆）

职责：负责对各类文献信息资料的采集、分编、应用与管理、开发和研究，提供咨询和信息服务；负责建立和管理党校系统信息网络体系和软硬件建设、维护。

9、经济行政管理教研室

职责：负责马克思主义经济理论、西方经济学、经济学说史等学科和行政管理、社会调查与方法等学科的教学科研工作。

10、党建哲学教研室

职责：负责党史党建、科学社会主义、领导科学及相关学科和马克思主义哲学、中国和西方哲学史、邓小平哲学思想的教学科研工作。

11、法科文教研室

职责：负责法律、科技、文化、外语等学科的教学科研工作。

12、后勤处

职责：负责教职工和学员的生活服务、校园建设、资产管理和后勤工作。负责校内固定资产社会化服务的开发和利用。