舟山市党建理论研究所成立于2004年8月。为加强在新形势下对党的两大历史性课题的研究，推进和加强我市党建工作，经舟山市机构编制委员会办公室批准成立舟山市党建理论研究所。研究所针对党建工作中产生的新事物、新现象、新问题，进行信息的收集、汇总、分析，开展专项研究，为市委和基层党建工作提供决策参考和基层工作指导。
    舟山市党建理论研究所为科级事业单位，核定科级领导职数1名，所需人员在党校内部调剂解决。
    2004年9月7日，舟党校党[2004]10号文件，任命舟山市委党校教育长朱锡君同志任舟山市党建理论研究所所长（兼）；张春晓同志任舟山市党建理论研究所副所长。因工作需要，2006年3月张春晓同志任舟山市党建理论研究所所长，朱锡君同志不再兼任所长职务。
    2005年1月，研究所成立学术指导委员会，由市委副书记、市委党校校长任主任，舟山市委副秘书长、舟山市委党校党委书记、常务副校长任副主任。下设委员若干名。首批聘任的研究员共27人。